Komando Israel terjun dari helikopter ke dalam kapal dengan tali. Mereka diserang oleh sekumpulan sukarelawan.

Tentera Laut Israel mengalihkan konvoi ke Pelabuhan Haifa bagi mengelakkan wartawan berkerumun. Semua pasport dirampas dan mereka ditahan . Tentera Israel melepaskan tembakan selepas mereka diserang oleh sejumpah penumpang. Komando Isarel terjun dari helikopter ke atas dek kapal jam 4.30 waktu subuh. Mereka menembak sukarelawan yang tidak bersenjata.[28]

Komando Israel menjelaskan bahawa tentera dipukul dengan batang besi dan pisau . Sukarelawan menolak mereka ke dek bawah dan hendak menangkap mereka untuk dijadikan tebusan. Beberapa tentera terpaksa terjun ke laut. Kebanyakan sukarelawan berbahasa Arab.[29]

Di Cyprus, Greta Berlin selaku ketua Gerakan Pembebasan Gaza menafikan tuduhan tentera Israel itu.